Note publique d'information : "Les répétitions en tandem sont constituées de successions de motifs d'ADN. Ces structures
présentes dans tous les organismes, procaryotes comme eucaryotes, ont des applications
dans de nombreux domaines. Depuis quelques années seulement, les répétitions en tandem
sont étudiées chez les bactéries. Le polymorphisme associé à ces séquences peut être
utilisé pour le génotypage de bactéries pathogènes, permettant une identification
précise au niveau de la souche. Le polymorphisme des séquences répétées est de deux
types : polymorphisme de longueur et mutations internes aux motifs. Les génomes des
deux bactéries pathogènes responsables d'infections nosocomiales, Staphylococcus aureus
et Pseudomonas aeruginosa, ont été étudiés dans le but d'identifier des séquences
répétées polymorphes. Un ensemble de marqueurs polymorphes a été validé expérimentalement
pour ces deux espèces permettant un typage dit MLVA (pour " Multiple Locus VNTR Analysis ").
"
Note publique d'information : Tandem repeats are constituted by the succession of DNA units. These structures, present
in all organisms, prokaryotes as well as eukaryotes, have many fields of application.
Since a few years, and owing to a large extend to the release of whole genome sequence
data, these sequences are being studied in bacteria. Polymorphism associated with
repeated sequences is useful for the genotyping of pathogenic bacteria in the aim
to identify bacteria at the strain level. Two levels of polymorphism can be associated
with tandem repeats: length polymorphism (counting the number of repeat units) and
internal variants in units (interpreting the internal organisation of the array).
Two bacterial species implicated in hospital aquired infections, Pseudomonas aeruginosa
and Staphylococcus aureus, were studied in order to validate sets of polymorphic tandem
repeats witch discriminate strains. A collection of polymorphic markers were developped
for the two bacterial species as a MLVA scheme typing.
paprika.idref.fr
data.idref.fr
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