Note publique d'information : La connaissance de l'espace conformationnel de protéines est une importance majeure
en biologie, en effet, lors de l'association des protéines (au-delà de la notion 'clef-serrure')
les changements conformationnels y jouent un rôle important. De nombreuses études,
expérimentales (RMN, Rayons X...) et théoriques (Dynamique Moléculaire, Méthode de
Monte Carlo...), sont utilisées pour décrire l'espace conformationel de: molécules.
La flexibilité des chaînes latérales est bien caractérisée, cependant celle des chaînes
principales reste problématique, souvent sous représenté. Nous proposons une méthode
activée, ARTIST (Activation-Relaxation Technique for Internai coordinate Space Trajectories)
fusionnée et adaptée de deux programmes existants, (ART et LIGAND) capable d'explorer,
en coordonnées internes, des déplacements localisés ou collectifs sur les protéines
impliquant ainsi le squelette protéique. Nous démontrons la capacité d'ARTIST à explorer
les changements conformationnels en passant de petites protéines aux complexes en
utilisant les champs de force en tout-atome d'AMBER et de FLEX. Et le programme ARTIST
est adapté avec le champ de force gros-grain OPEP, les premiers tests sont réalisé
sur une petite protéine.
Note publique d'information : The knowledge of protein conformational space is a major importance in biology, while
protein binding (beyond of the notion "lock and key" the conformational changes play
an important role. The several experimental (NMR, X-ray crystallography... ) and theoretical
studies (Molecular Dynamics, Monte Carlo method... ), are used for describe molecular
conformational space. The side chain flexibility is well characterized, however main
chain flexibility rest in problem. We propose an activated method, ARTIST (Activation-Relaxation
Technique for Internal coordinate Space Trajectories) fused and adapted from two programs,
(ART and LIGAND) capable to sample, in internal coordinates, local or collective displacements
on proteins involving protein backbone. We show the capacity of ARTIST to sample conformational
changes from small proteins to complexes using AMBER and FLEX ail atom force fields.
The ARTIST is adapted with the coarse-grained force field (OPEP), first tests were
performed on a small protein.
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