Identifiant pérenne de la notice : 247835617
Notice de type
Notice de regroupement
Note publique d'information : Cette thèse débute par la minimisation des automates non-déterministes. Je fournis
la preuve d'une technique présentée sans démonstration par Sengoku ainsi que différentes
heuristiques, basées sur le calcul de simulations d'états, combinant langages gauches
et droits. Ce travail débouche sur une technique de réduction des automates de Büchi.
Parallèlement, je m'intéresse à la maîtrise de la complexité en espace de la déterminisation
en optimisant la déterminisation partielle. Les thèmes suivants sont plus applicatifs.
Le premier concerne la recherche approchée d'expressions secondaires dans le génome
au moyen de grammaires algébriques. Je présente une adaptation de l'algorithme de
Valiant, puis un algorithme de type CYK pour la recherche approchée d'une hélice simple.
Je termine par la recherche d'équipes de gènes communes entre différents génomes,
dont un problème sous-jacent est la recherche de composantes connexes communes à plusieurs
graphes. J'y présente notre nouvel algorithme traitant le cas de graphes d'intervalles.
Note publique d'information : The initial topic of this thesis is automata minimization. I prove a technique for
full minimization that was given unproved by Sengoku, together with heuristics based
on state simulations, that combine left and right languages. This work provides a
reduction technique for B\"uchi automata. On the other hand, I focus on managing
the space complexity of determinisation by an optimized partial determinization.The
following is more involved in practical applications. First, I focus on secondary
expression search in genome, based on context-free grammars. I give an adaptation
of Valiant's algorithm, and a CYK algorithm for single hairpin approximate search.
Finally, I investigate gene-team search between several genomes. An underlying problem
is the common connected set search between several graphs. I describe our new algorithm
that is specific to interval graphs.
paprika.idref.fr
data.idref.fr
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