Note publique d'information : Les virus sont les entités biologiques les plus abondantes et diversifiées sur Terre
et leur diversité est encore très peu connue. Récemment, la métagénomique virale a
facilité l'exploration de cette diversité. Néanmoins, la plupart des viromes environnementaux
générés à ce jour proviennent de régions tempérées et la plupart des viromes humains
proviennent d’échantillons de selles, sang ou de prélèvements oro-naso-pharyngés.
L'objectif de mon travail de thèse était d’apporter de nouvelles connaissances sur
les communautés virales d’environnements et d’échantillons humains les moins étudiés
en utilisant une approche de métagénomique virale.La première partie de cette thèse
est une revue des principaux outils d'analyse des métagénomes viraux. La deuxième
partie présente la première étude de métagénomique virale dans le désert du Sahara.
Dans la troisième partie de ma thèse, je présente de viromes associés a l'Homme: i)
le premier métagénome viral issu d'un coprolithe humain du Moyen Âge; ii) la première
étude de métagénomique virale sur de liquides péricardiques provenant de patients
atteints d’une péricardite infectieuse d'origine inconnue; iii) une analyse fonctionnelle
de métagénomes viraux précédemment publiés associés aux expectorations de patients
atteints de mucoviscidose qui décrit les gènes de résistance aux antibiotiques portés
par les bactériophages dans ces patients.Ce travail présente ainsi des données inédites
sur certaines communautés virales peu étudiées et confirme le potentiel de la métagénomique
virale pour étudier la diversité virale, révéler la présence de virus inattendus ou
inconnus et comprendre leur rôle dans leur écosystème d’origine.
Note publique d'information : Viruses are the most abundant and diverse organisms but little is known about their
diversity. Recently, viral metagenomics has allowed performing broad unselective exploration
of uncultivated viral communities, bypassing the limits of classical viral detection
tools. However, most viral metagenomes are generated from temperate regions (for environmental
studies) or from modern stool samples, sera/blood and naso-/oro- pharyngeal samples
(for human-associated studies). Therefore, the purpose of my thesis is to study viral
communities in the least investigated environments or human samples, using viral metagenomics.The
first part of my thesis is a review of the main computational tools for the analysis
of viral metagenomes. The second part of my thesis presents the first viromes generated
from the Sahara desert. In the third part, I investigate human-associated viral communities:
i) the first virome from a human coprolite; ii) the first viromes generated from human
pericardial fluids, in idiopathic pericarditis cases; ii) a functional-level investigation
of previously described viral metagenomes from cystic fibrosis patient sputa that
focuses on antimicrobial resistance genes carried by bacteriophages to better understand
the emergence of multidrug-resistance bacteria in the airways of cystic fibrosis patients.This
thesis work provides original data on unexplored viral communities and shows the potential
of viral metagenomics to give insights on viral diversity, reveal the presence of
expected and unexpected viruses and decipher their role in the ecosystem.
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