Identifiant pérenne de la notice : 211619159
Notice de type
Notice de regroupement
Note publique d'information : Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais
il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances
sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation
de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes.
C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la
multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies
bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage
du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons
mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les
selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de
pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum;
identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum,
la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail,
nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment
disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en
réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote
digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie
moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable
les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie
humaine.
Note publique d'information : He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it
is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of
this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques.
However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics"
has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the
rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by
PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated
an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the
occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture
or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing
the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of
β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that
Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin
microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially
digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic
bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending
exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the
pathogenesis or the transmission of infectious diseases.
paprika.idref.fr
data.idref.fr
Documentation
